Home
O nás
Shrnutí činnosti

Shrnutí činnosti

Naše laboratoř pracuje na Pediatrické klinice FN Motol v Praze 5 od jara 1999 a od jara roku 2011 jsme také součástí Ústavu lékařské mikrobiologie. Provádíme klinická vyšetřování a zabýváme se také celou řadou výzkumných projektů z oblastí genetiky diabetu, negenetických faktorů diabetu, mikrobiologie a virologie. .


Jedním z nich je projekt vyšetřování genů pro monogenní diabetes (MODY diabetes, čtěte v sekci projekty), který byl PhD projektem Petry Dušátkové pod vedením Ondřeje Cinka a Štěpánky Průhové. Dnes se vyšetřuje rutinně a je žádán lékaři z celé České republiky. Dalším projektem z oblasti diabetu je stanovení rizikového HLA genotypu pro diabetes 1 typu. Tento projekt vznikl jako PhD projekt Ondřeje Cinka. Na základě tohoto stanovení je lékař informován o zvýšeném riziku pacienta a případně je pacient také zařazen do probíhajícího vědecko-výzkumného projektu. Nově se pak také zabýváme negenetickými faktory na vznik tohoto onemocnění, zejména viry.


Dále také typizujeme bakterie u pacientů s cystickou fibrózou, což vzniklo jako PhD projekt Pavla Dřevínka a dnes je součástí rutinního vyšetřování naší laboratoře ve spolupráci s Ústavem lékařské mikrobiologie. V průběhu let se podařilo zastavit epidemii způsobenou bakterií Burkholderia cenocepacia striktním dodržováním pravidel pro separaci kolonizovaných pacientů od nekolonizovaných.

Pracovní skupina Pavla Dřevínka:

  • Rutinní molekulárně mikrobiologická diagnostika bakterií komplexu Burkholderia cepacia (Bcc) a Pseudomonas aeruginosa u pacientů s cystickou fibrózou (CF) založena na PCR, molekulární typizace (genotypizace) Bcc a P. aeruginosa vedoucí k identifikaci epidemických kmenů pomocí genotypizačních metod náhodné amplifikace polymorfních úseků DNA (random amplified polymorphic DNA, RAPD), multilokusové sekvenční typizace (multilocus sequence typing, MLST), či elektroforézy v pulzním poli (pulsed field gel electrophoresis, PFGE).
  • Výzkumná činnost je zaměřena na identifikaci faktorů virulence a studium patogeneze infekce způsobené Bcc u pacientů s cystickou fibrózou za pomocí využití DNA čipů, NGS a RNA-Seq. Další výzkumnou činností je aplikovaný výzkum zaměřený na univerzální panbakteriální („16S rDNA“) a panfungální („18S rDNA) detekci z široké škály klinického materiálu (tkáně, krev, punktáty, likvor); vývoj a optimalizace diagnostických real time PCR specifických pro konkrétní patogeny (B. pertussis, HSV,…).

Pro potřeby kliniky vyšetřujeme DNA viry u dětských pacientů po transplantaci (více v sekci projekty), což vzniklo jako PhD projekt Petra Hubáčka pod vedením Ondřeje Cinka. Projekt vznikl z nutnosti zamezit úmrtnosti těchto pacientů po transplantaci způsobené virovou nákazou. Dnes jsou zařazen mezi rutinní klinické vyšetřování naší laboratoře.


Nově jsme se naučili používat technik next-generation sekvenování, microarraye a také u nás vzniká laboratoř funkčníh studií.


 

 

Náš tým:

untitled-2

 

MODY skupina:

untitled-3

 

Entero skupina:

untitled-5

Leave a Comment